Bei rein wirtschaftlicher Betrachtungsweise kann als Nachteil einer Selbstanzeige die Verpflichtung zur Nachzahlung der hinterzogenen Steuern. Dabei ist zu beachten, dass regelmäßig nicht der strafrechtliche Verjährungszeitraum von fünf Jahren, sondern der steuerrechtliche Verjährungszeitraum von zehn Jahren relevant ist. Außerdem sind die hinterzogenen Steuern zu verzinsen, so dass im Ergebnis schnell hohe Summen anfallen können.
Zudem besteht bei einer unvollständigen oder fehlerhaften Selbstanzeige die Gefahr, dass diese sich nicht strafbefreiend auswirkt, sondern lediglich den Effekt hat, dass das Finanzamt auf die Steuerunehrlichkeit hingewiesen wird und ein Strafverfahren wegen Steuerhinterziehung einleitet.
Weitere Nachteile ergeben sich für Beamten. Diese werden regelmäßig auch bei einer wirksamen, d.h. strafbefreienden Selbstanzeige disziplinarrechtlich von ihrem Dienstherrn belangt.
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